Die erste Synagoge in Rexingen wurde 1712 erbaut. Die heutige Synagoge wurde erst 125 Jahre später im Jahre 1837 errichtet. In der Pogromnacht des 9. zum 10. November 1938 wurde sie von NS-Anhängern in Brand gesetzt. Das Gebäude konnte zwar von der Feuerwehr gerettet werden, aber das Gotteshaus war im Innern vollkommen ausgebrannt.

In den darauffolgenden Kriegsjahren diente die Synagoge als Lagerraum der Waffenfabrik Mauser. 1952 wurde die ehemalige Synagoge von der evangelischen Kirchengemeinde angemietet und zur evangelischen Kirche umgebaut. Im Obergeschoss befindet sich der Kirchsaal, in dem sonntags Gottesdienst gefeiert wird. Im Erdgeschoss gibt es für Gemeindegruppen einen großen und kleinen Gemeindesaal, eine Küche und Toiletten.